MUDIS4LS-WP4

The work package “Intensive computational biology” (WP4) aims at enabling the life science communities to use for projects with intensive and IA-related computing needs the existing intensive computing resources (HPC, AI, Bigmem) available in the four national centers IDRIS, TGCC, CINES (both affiliated to GENCI) and CC-IN2P3. The challenges are to deploy on these national facilities the usual tools and data in life science, to provide users with common workflow environments and scientific gateways and web portals. The use cases include AI projects, and projects requiring very large computing resources, such as health applications related for instance to COVID-19 or large scale microbial genomes analysis. Running applications for intensive computations required that tools and pipelines have been adapted and benchmarked at a preliminary step in representative regional HPC/AI environments (e.g. CBP-PSMN).

Actualités : Le groupe de travail WP4 organise un hackathon du 12 au 14 novembre 2024 au CBPsmn à Lyon

A la une :

• Présentation générale
• Ressources disponibles dans les centres partenaires
• Usecase AlphaFold-2
• Hackathon WP4@kickoff-MUDIS4LS 2022
• Journées WP4 2024, 17-18 janvier 2024, IDRIS Orsay

Objectifs

• Faciliter l’accès et l’usage des ressources HPC/AI/BigMem disponibles dans les centres nationaux IDRIS, TGCC, CINES (affiliés GENCI) et CC-IN2P3.
• Mettre en oeuvre les environnements de recherches adaptés, et les ressources bioinformatiques utiles (outils et données de référence).
• Prototyper et évaluer les performances sur des centres de calcul intermédiaires (CBP-PSMN).
• Former les scientifiques et les développeurs de logiciels bioinformatiques.

Cas d’usage

• Déployer les applications Santé dans un environnement HPC/AI (IS3)
• Déployer les applications Microbiome dans un environnement HPC/AI (IS4)
• Evaluer les applications avec différentes ressources de calcul (benchmark)
• Déplacer les données entre les sites IDRIS et CCIN2P3 pour les rendre accessibles et interopérables (coll. projet FITS)

Tâches

WP4.1 Applications scientifiques et cas d’usage (Nicolas Pons, Philippe Hupé)

• Définition des cas d’usage et des besoins
• Test et validation des prototypes
• Valorisation : formation des utilisateurs, diffusion

WP4.2 Integration des outils et données (Christophe Blanchet, Agnès Ansari)

• Analyse des besoins
• Mise en oeuvre des infrastructures de traitement, réalisation des prototypes, maintenance.
• Formation des développeurs

WP4.3 Benchmarking (Hervé Gilquin)

• Analyse des besoins
• Mise en oeuvre des infrastructures d’évaluation
• Formation des développeurs

Liens avec les autres WP/IS

• WP2 - Distributed infrastructure
• IS 3. Bioinformatics solutions to handle health data
• IS 4. FAIR Integration and sharing of new data deluge in microbiome research

Outils collaboratifs

• Liste de diffusion : https://groupes.france-bioinformatique.fr/sympa/info/mudis4ls-wp4

• Canal de discussion (CESGO Rocket-chat) : https://instant.cesgo.org/group/mudis4ls-wp4

Pour le rejoindre, faire la demande de compte sur https://www.cesgo.org, et envoyer votre username à un des animateurs du WP4 par mail ou sur son canal Rocket-Chat CESGO.

• Dépôt git : https://gitlab.in2p3.fr/ifb-biosphere/mudis4ls-wp4

• Documents collaboratifs : https://data-access.cesgo.org/index.php/apps/files/?dir=/MUDIS4LS-WP4

• Contacts : Christophe Blanchet (IFB-core), Philippe Hupé (Institut Curie),